上流の冷たく澄んだ流れにはヤマトイワナが泳ぎます。 ふだんは落ち葉や土の中に隠れ、 ほとんど目にすることのないクロサンショウウオなどの小型サンショウウオ類の仲間もすんでいます。
滝つぼを再現した水槽では、長良川を代表する魚の一つであるサツキマスやアマゴが見られます。